Реку Мезень питают 15187 притоков – рек и ручьев. Основными являются 103 притока первого порядка, из них 53 – левосторонних, и 50 – правосторонних. Через один из притоков, реку Пижма Мезенская, Мезень связана с бассейном реки Печора. Для реки Пижма Мезенская свойственно явление бифуркации – раздвоения русла, т.е. она течет и в Мезень, и в Печору. Наибольшими из притоков Мезени являются: Вашка – длина 605 км, Пёза – длина 363 км, Мезенская Пижма – длина 236 км, Сула – длина 221 км, Кыма (Кымь) – длина 219 км, Ирва – длина 174 км, Пысса (Тыса) – длина 164 км, Большая Лоптюга – длина 160 км, Ус – длина 102 км.
Все основные притоки реки Мезень.
Левосторонние:
— Ольховка, река на 5 км от устья р. Мезень, длина 33 км;
— Чеца (Ниж. Чеца), река на 29 км от устья, длина 4 км;
— Каменка, река на 41 км от устья, длина 38 км;
— Шукша, река на 65 км от устья реки Мезень, длина 39 км;
— Старая Кимжа, река на 73 км от устья, длина 13 км;
— Кимжа, река на 81 км от устья, длина 158 км;
— Рочуга, река на 151 км от устья, длина 16 км;
— Ерчема (Елчема), река на 178 км от устья, длина 31 км;
— Ежуга, река на 196 км от устья, длина 51 км;
— Вашка, река на 201 км от устья, длина 605 км;
— Едома, река на 207 км от устья реки Мезень, длина 28 км;
— Колмогорская Курья, река на 225 км от устья, длина 16 км;
— Кома, река на 254 км от устья, длина 40 км;
— Коч, река на 266 км от устья, длина 59 км;
— Хетея, река на 268 км от устья, длина 12 км;
— Горевой (Гаревой), ручей на 272 км от устья, длина 11 км;
— Манбас, река на 288 км от устья р. Мезень, длина 18 км;
— Мутусья (Мутасья, Мутусь, Мутося), река на 306 км от устья, длина 88 км;
— Манбас (Мамбасс), река на 308 км от устья, длина 21 км;
— Койнас (Койнасс), ручей на 329 км от устья, длина 15 км;
-Ноба , река на 332 км от устья, длина 49 км;
— Карва, река на 339 км от устья, длина 18 км;
— Низьма (Низима), река на 347 км от устья, длина 123 км;
— Кысса, река на 349 км от устья р. Мезень, длина 76 км;
— Карпов, ручей на 352 км от устья, длина 13 км;
— Выбор (Выбера), река на 361 км от устья, длина 61 км;
— Домашний, ручей на 362 км от устья, длина 16 км;
— Лэба (Леба), река на 372 км от устья, длина 64 км;
— Зубов, ручей на 395 км от устья, длина 17 км;
— Гремячий (Грубой), ручей на 412 км от устья, длина 12 км;
— Вёза, река на 416 км от устья р. Мезень, длина 20 км;
— Лотьюга (Латюга), река на 437 км от устья, длина 28 км;
— Пысса (Тыса) , река на 455 км от устья, длина 164 км;
— Вэвлез-Ёль (Вевлез), ручей на 480 км от устья, длина 15 км;
— Мудз-Ю (Муча), река на 492 км от устья, длина 60 км;
— Керь-Ю, река на 498 км от устья р. Мезень, длина 21 км;
— Уип, река на 523 км от устья, длина 43 км;
— Сёль, река на 552 км от устья, длина 14 км;
— Локшор, река на 556 км от устья, длина 13 км;
— Ус, река на 586 км от устья, длина 102 км;
— Бол. Лоптюга (Бол. Лоптюг), река на 618 км от устья, длина 160 км;
— Мал. Лоптюга, река на 631 км от устья, длина 65 км;
— Ирва, река на 653 км от устья, длина 174 км;
— Мал. Севк, река на 700 км от устья реки Мезень, длина 23 км;
— Бол. Севк (Бол. Севка), река на 708 км от устья, длина 37 км;
-Комысь-Видз-Ёль , ручей на 712 км от устья, длина 14 км;
— Удж-Ю, река на 729 км от устья, длина 12 км;
— Кома-Ёль, ручей на 739 км от устья, длина 11 км;
— Ёлва-Мезенская, река на 747 км от устья, длина 84 км;
— Южн. Песъю (Бол. Песья), река на 783 км от устья, длина 41 км;
— Тыд, река на 848 км от устья, длина 30 км;
— Увью, река на 888 км от устья, длина 43 км;
— Язиньга, река на 908 км от устья, длина 16 км;
Правосторонние:
— Сёмжа, река на 5 км от устья реки Мезень, длина 63 км;
— Пыя, река на 22 км от устья, длина 70 км;
— Пёза, река на 86 км от устья, длина 363 км;
— Жердь, река на 91 км от устья, длина 10 км;
— Верх. Целега, река на 128 км от устья, длина 13 км;
— Палуга, река на 143 км от устья, длина 10 км;
— Бол. Кеслома, река на 151 км от устья, длина 14 км;
— Мал. Кеслома, река на 157 км от устья, длина 10 км;
— Юрома, река на 165 км от устья, длина 38 км;
— Кельчема (Керчема), река на 173 км от устья, длина 4 км;
— Большой, ручей на 195 км от устья, длина 10 км;
— Пожа, река на 216 км от устья, длина 40 км;
— Пылема, река на 221 км от устья, длина 33 км;
— Ираса (Ирос, Ироса, Юроса), река на 225 км от устья, длина 84 км;
— Она, река на 242 км от устья, длина 100 км;
— Цебьюга (Цеблюга), река на 242 км от устья, длина 64 км;
— Ниж. Сезя, река на 276 км от устья, длина 14 км;
— Попьюга, река на 282 км от устья, длина 8 км;
— Цебьюга (Чебьюга, Чеблюга), река на 286 км от устья, длина 47 км;
— Кыма (Кымь), река на 315 км от устья, длина 219 км;
— Сельзя (Сельза), река на 321 км от устья, длина 71 км;
— Неньга, река на 324 км от устья, длина 19 км;
— Сула, река на 337 км от устья, длина 221 км;
— Карва (Кирва), река на 343 км от устья, длина 11 км;
— Кузига (Кузега), река на 360 км от устья, длина 13 км;
— Мезенская Пижма, река на 390 км от устья, длина 236 км;
— Кыртей (Ыджыд-Кыфтью), река на 413 км от устья, длина 38 км;
— Курмыш, река на 428 км от устья, длина 67 км;
— Бол. Виска, река на 430 км от устья, длина 19 км;
— Барма, река на 442 км от устья, длина 42 км;
— Бычим-Ёль (Бычим-ю), ручей на 453 км от устья, длина 19 км;
— Мыт-Пыв-Ёль, река на 454 км от устья, длина 10 км;
— Туп-Ёль, ручей на 470 км от устья, длина 10 км;
— Уип-Ю, река на 476 км от устья, длина 21 км;
— Вежа-Ю (Вежа), река на 499 км от устья р. Мезень, длина 12 км;
— Села-Лопи, река на 507 км от устья, длина 11 км;
— Войсас-Ю, река на 542 км от устья, длина 12 км;
— Лэба (Леба), река на 545 км от устья, длина 24 км;
— Борсег, река на 550 км от устья, длина 11 км;
— Пежь-Ю (Лежью), река на 574 км от устья, длина 31 км;
— Мал. Ирыч, река на 603 км от устья, длина 31 км;
— Бол. Ирыч, река на 608 км от устья, длина 32 км;
— Ув-Ю, река на 671 км от устья, длина 23 км;
— Вожаль, река на 693 км от устья, длина 13 км;
— Комысь, река на 715 км от устья, длина 2 км;
— Лупт (Луп), река на 737 км от устья, длина 65 км;
— Кривая, река на 823 км от устья, длина 78 км;
— Ниж. Пузла (Пузла), река на 839 км от устья, длина 58 км;
— Шимур (Щишер), река на 848 км от устья, длина 19 км;
— Верх. Пузла (Каменная Пузла), река на 876 км от устья, длина 43 км.